Sau một khoảng thời gian dài tu học, ngày 10 tháng 6 năm 1933, Phó tế Phêrô Khuất Văn Tạo tiến đến việc được truyền chức linh mục.[3] Sau khi được thụ phong, tân linh mục Khuất Văn Tạo được cử làm linh mục phó, hỗ trợ linh mục Mazé Kim, sau là giám mục Hưng Hóa. Năm 1939, ông được bổ nhiệm phụ trách trường tập (đào tạo giáo sĩ Công giáo) mới thành lập. Linh mục Tạo đã đảm nhận vai trò này đến sau năm 1945.[5]

Giám mục Mazé và các linh mục người Pháp bị yêu cầu về Hà Nội, linh mục Khuất Văn Tạo phải đảm nhiệm mọi công tác ở Nhà chung (Tòa giám mục) Hưng Hóa với nhiều vai trò khác nhau như Quản lý Địa phận, linh mục chính xứ Hưng Hóa, Bề trên Trường Tập. Tháng 5 và tháng 10 năm 1947, máy bay chiến đấu của Pháp rải bom Tòa giám mục Hưng Hóa và trong lần tháng 10 chiếm đóng Tòa giám mục trong khoảng thời gian vài ngày. Sau khi quân đội Pháp rút khỏi Tòa giám mục, họ buộc linh mục Khuất Văn Tạo theo họ. Vì không mong muốn theo Pháp, linh mục Tạo buộc quân đội Pháp tuyên bố về việc họ buộc linh mục Tạo theo họ, sau đó ông mới chịu đi. Đây là sự kiện khiến chính quyền Việt Nam xem rằng ông theo Pháp.[5]

Sau khi được quân đội Pháp thả tự do, linh mục Khuất Văn Tạo trở về Sơn Tây, thành lập trại di cư Văn Côi trong khoảng thời gian đầu năm 1951. Năm 1952, Giám mục bổ nhiệm ông phụ trách Tiểu chủng viện Thánh Giuse ở Tông, đồng thời ông tiếp tục xây dựng một trại di cư ở Kim Sơn. Trại Kim Sơn hoạt động cho đến khi giáo dân di cư vào Nam năm 1954.[5]